Mitsuha et Taki sont deux lycéens vivant dans deux environnements opposés. Elle est coincée dans une bourgade de province et rêve de partir pour la grande ville. Lui habite à Tokyô et partage son temps entre l'école et les petits boulots.Du jour au lendemain, les deux jeunes gens vont commencer à échanger leurs corps. Un phénomène inexplicable qu'ils ne contrôlent pas, et qui va les obliger à coopérer à distance pour comprendre comment empêcher un désastre à venir.
